En julio de 1895 el presidente Joaquín Crespo organizó las islas venezolanas en el Caribe e incluyó a la isla de Aves como parte del Territorio Federal Colón. En mayo de 1905 el presidente Cipriano Castro decretó que la isla perteneciera al llamado “Municipio Oriental” del Territorio Federal Colón.
La isla fue descubierta por Avaro Sanzze en 1584 y reclamada en nombre de España, pero no fue asentada. Esto hizo que fuera reclamada más tarde por España, Reino Unido, Portugal y los Países Bajos.
Los Países Bajos la reclamaron a partir de 1854 pretendiendo declararla unida a la isla de Saba ubicada a 200 km, pero el conflicto sobre la posesión de isla situada a 500 km de la isla de Margarita, fue solucionado por medio de un laudo arbitral que declaró al territorio como espacio venezolano, siendo Isabel II de España la designada como árbitro a solicitud de ambos países, en 1860.
Después de varios años de estudio de los alegatos, de consultas entre funcionarios y de elaboración de varios informes, los altos funcionarios del Ministerio de Estado, del Consejo de Estado y del Consejo de Ministros dieron su opinión definitiva ante la reina, quien dictó sentencia el 30 de junio de 1865 a favor de los derechos venezolanos sobre la isla.
El 6 de enero de 1999 el Gobierno venezolano decretó que la isla quedara bajo el control de la Dirección de Hidrografía y Navegación, con el nombre de Base Científico Naval “Simón Bolívar” y su nombre fue incluido en el Artículo 11 de la Constitución Venezolana aprobada el 15 de diciembre de 1999, que la considera parte del espacio insular de la República como una de las Dependencias Federales.
El 22 de octubre de 2000 se realizó la primera transmisión de radio y televisión desde la isla usando señal satelital, realizada por el presidente Hugo Chávez.
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